O presente artigo trata-se de um recorte de uma pesquisa mais ampla realizada durante o Mestrado em Educação Profissional e Tecnológica na Universidade Federal de Santa Maria, dissertação que teve como tema as transformações envolvendo os sujeitos da EJA-EPT. O objetivo desse texto em particular, pauta-se em propor uma reflexão acerca dos principais desafios enfrentados no Trabalho Pedagógico de um grupo de professores atuantes na EJA-EPT, na região central do Brasil, em tempos de pandemia covid 19. Para desenvolver o estudo optamos por seguir um viés dialético devido ao fato de apresentar um processo dinâmico, capaz de articular os elementos da realidade com a produção do conhecimento. O artigo está estruturado em dois pontos centrais: inicialmente apresentando elementos acerca da Educação de Jovens e Adultos integrada à Educação Profissional e em seguida apresentando aspectos do trabalho pedagógico autotransformador e as percepções encontradas na pesquisa. Observamos, pela experiência realizada, que foram muitos os desafios que exigiram a autotransformação dos professores, porém, quem já desenvolvia um trabalho pedagógico crítico antes da pandemia conseguiu se adaptar mais rapidamente.