O cultivo de soja em plantio direto nos Campos de Cima da Serra traz consigo o aumento de podridões radiculares causadas por Macrophomina phaseolina e Fusarium spp. O manejo destas doenças é importante para a obtenção de altos rendimentos em lavouras de soja, no entanto estes patógenos não são eficientemente controlados através de manejo químico, possuindo apenas o controle genético e de época de semeadura como possíveis alternativas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a incidência de M. phaseolina e Fusarium spp. em 21 diferentes cultivares de soja semeadas em duas épocas. O trabalho foi realizado em Lagoa Vermelha/RS em um experimento bifatorial em delineamento de blocos ao acaso contendo 3 repetições. O fator 1 foram 21 cultivares de soja (BMX Lança IPRO, BMX Ponta IPRO, BMX Potencia IPRO, BMX Raio IPRO, BMX Tornado RR, BMX Valente RR, BMX Zeus IPRO, BRS 5601 RR, BRS 5804 RR, BRS 6203 RR, M 5838, M 5917 IPRO, M 5947 IPRO, M 6210 IPRO, M 6410 IPRO, NA 5909 RR, NEO 610 IPRO, NS 6601 IPRO, TEC IRGA 6070 RR, TMG 7063 IPRO e TMG 7262 RR) e o fator 2 as duas épocas de semeadura (03/11/2020 e 25/11/2020). Foram realizadas avaliações de incidência das doenças avaliadas e rendimento de grãos. Os dados gerados foram submetidos à Análise de Variância (ANOVA) e se significativos, comparados pelo teste de Scott Knott a 5 % de significância. M. phaseolina foi o fungo mais presente nas plantas avaliadas. A época de semeadura influenciou na incidência dos patógenos estudados e no rendimento da cultura, uma vez que as cultivares semeadas em 25/11/2020 tiveram maior incidência de M. phaseolina e menor de Fusarium spp. O rendimento de 4.926 kg/ha da segunda época de semeadura foi significativamente superior ao rendimento de 4.572 kg/ha da primeira época. Houve diferença estatística significativa para todos os fatores avaliados entre as cultivares, e embora não necessariamente exista correlação entre a incidência dos patógenos e o rendimento da cultura, as informações geradas de um grande número de cultivares são úteis para o posicionamento assertivo de cultivares de soja em áreas com histórico de perdas pelas podridões radiculares.