O conhecimento do germoplasma de espécies crioulas (landraces) é ferramenta fundamental para programas de melhoramento genético. O milho é um dos cereais mais cultivados do mundo, sua importância econômica, reprodução e a possibilidade de gerar inúmeras progênies pela facilidade na realização de polinização, são fatores que levaram essa espécie a ser amplamente distribuída e consumida pelo mundo. O milho crioulo geralmente é cultivado em pequenas propriedades rurais vinculadas à agricultura familiar, que se destaca na preservação de variabilidade genética em condições naturais de cultivo. As variedades de milho crioulo apresentam características de importância agronômica como rusticidade e tolerância a estresses bióticos e abióticos, além da enorme variabilidade genética. Com isso, o intuito deste projeto é analisar a variabilidade genética das populações de milho crioulo cultivadas no Norte do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, através de marcadores moleculares. O experimento está sendo conduzido no Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular do IFRS – Campus Sertão. Serão avaliadas em torno de trinta populações de milho crioulo cultivados no Norte do Rio Grande do Sul e no estado de Santa Catarina, este último fornecido pela Epagri. As variedades serão semeadas em vasos, em casa de vegetação, para posterior extração de DNA. Até o momento foram feitas análises de caracterização dos genótipos que diferenciam as variedades quanto ao tipo de grão conforme o seu endosperma (dentado, duro, farináceo, pipoca ou doce) e quanto à coloração. Com a execução parcial do projeto é possível verificar que as variedades estudadas apresentam vários formatos e principalmente colorações distintas, o que evidencia a variabilidade genética dessas populações. Ao final do trabalho espera-se diagnosticar a nível molecular a variabilidade genética das populações.